Chế độ mới cai trị từ cung điện tại Nêdong thuộc thung lũng Yarlung. Đại Tư Đồ tái tổ chức chính quyền Mông Cổ-Tát Già phái cũ bằng cách chia lãnh thổ thành các dzong (rdzong), huyện khác nhau. Ông bãi bỏ luật lệ và phong tục Mông Cổ và ủng hộ truyền thống Tây Tạng. Triều đại đầu tiên thi hành quyền lực đối với Trung Tây Tạng (Ü và Tsang). Phách Mộc Trúc Ba định kỳ phái sứ thần đi triều cống cho các hoàng đế nhà Minh tại Trung Quốc, và được ban cho tước hiệu Xiển Hóa vương (闡化王, vua giáo hóa Phật giáo).[3] Triều đình nhà Minh thiết lập một số đô ti (都司) và trại (寨) ở Trung Tây Tạng, song lại thường bổ nhiệm người Tạng làm quan lãnh đạo hơn là cử các quan lại hay tướng lĩnh người Hán đến. Chỉ có những việc cốt yếu, ví dụ như quyền sở hữu Tát Già tự, là do Hoàng đế Đại Minh định đoạt.[4]